PCR實驗室區域劃分
1、主要功能區劃分
試劑準備區、標本制備區、擴增反應一區、純化區、擴增反應二區、后純化區。
2、設計原則
按國家衛生部的要求，各實驗區域必須是相互獨立的，不能直通，每個獨立實驗區設有專門的閘間供工作人員換工作服和鞋，進入各工作區域必須嚴格遵循單一方向順序，即只能從左邊試劑準備區，標本制備區，擴增反應一區，純化區，擴增反應二區到后純化區，避免發生交叉污染。
3、為避免樣本間的交叉污染，房間采取凈化控制，總體設計為10萬級。閘間（緩沖間）設計為正壓區，保證與外界環境隔離，避免從鄰近區域進入本區域的氣溶膠污染。
氣流設計
人流物流設計各行其道，避免交叉混雜，整個區域設計一個公用走廊，工作區域之間設計試劑物品傳遞專用窗，做到人物分流。
1、物流：在試劑準備區與標本制備區、標本制備區與PCR擴增區之間，以及擴增區域和純化區之間設計有電子連鎖不銹鋼傳遞窗，以單向進行試劑、標本等物品傳送，配制的試劑通過單向傳遞窗由試劑準備區傳遞到標本制備區，處理過的標本通過單向傳遞窗由標本制備區傳遞到PCR擴增區，按照工藝流程逐次傳遞，避免返流。單向物品傳送系統既保障了標本試劑不受污染，又保障了標本試劑不污染環境。
2、人流：人員通過閘間分別進入各自實驗區域，進出各實驗區域需要在閘間區域更換潔凈工作服，手消毒等。
壓差設計
PCR實驗室應設計為負壓潔凈室，通過壓差控制，使整個PCR實驗過程中試劑和標本免受氣溶膠的污染，并且降低擴增產物對人員和環境的污染。
各個實驗室與非潔凈區之間的閘間保持正壓，＞10Pa，實驗與閘間之間的氣流組織方向為：試劑準備區空氣流向閘間，標本制備區流向閘間，而PCR擴增區氣流方向由閘間流向PCR擴增區，純化區同理；
壓力梯度來實現單向氣流組織方向，由試劑準備區（+20Pa）、標本制備區（+15Pa）、擴增反應一區（-5Pa）、純化區（-10Pa）、擴增反應二區（-20Pa）、到后純化區（-25Pa）壓力逐漸降低，形成單向負壓壓力梯度。
四、其它安全設施
PCR實驗室為潔凈空調系統，系統形式采用直流系統不回風，防止交叉污染；試劑準備間設計超凈臺，保證試劑免受空氣環境污染；標本制備間設計生物安全柜，保證標本不污染室內環境，并保證標本免受環境污染。
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