PCR實驗室又稱基因擴增實驗室，是分子診斷的基礎，也是進行PCR實驗的必備場所。近年來因分子診斷領域的不斷發展，如何規劃一個合格的實驗室是每一個pcr從業者首先要遇到的問題。
1、如何才能設計一個合格的PCR實驗室呢，簡單的說就是：各區獨立，注意風向，因地制宜，方便工作，同時也要注意標本的接收問題。
首先我們來看各區獨立。其含義就是PCR實驗室的四個區域（如果使用實時熒光定量PCR，則只需要三個區，因為擴增和產物分析可以在同一個區域內解決）即試劑準備區，標本制備區，擴增區和產物分析區，應該在物理上完全分開的各自獨立的區域，并且不能有連接各個區域的中央空調等會導致空氣流通的情況。物品的傳遞應采用高密封度的傳遞窗，一個合格的傳遞窗應該是雙開門的結構，當一側打開時另外一側自鎖無法打開，且艙內應配套紫外燈消毒功能，這樣就可以高效避免交叉污染。
第二是注意風向。由于PCR對原始靶核酸的擴增有一個指數級的增長，當檢測有陽性后，假如在開放式的環境下，很容易就形成了所謂的“氣溶膠污染”，為了防止這種污染的發生，就需要注意各實驗室區域內的氣流。一般來說，實驗室的空氣流通采用正壓或者負壓，按照試劑準備區→標本制備區→擴增產物分析區方向空氣壓力遞減的方式進行通過壓差控制，使整個PCR實驗過程中試劑和標本免受氣溶膠的污染，并且降低擴增產物對人員和環境的污染。
各個實驗室與非潔凈區之間的閘間保持正壓，＞10Pa，實驗與閘間之間的氣流組織方向為：試劑準備區空氣流向閘間，標本制備區流向閘間，而PCR擴增區氣流方向由閘間流向PCR擴增區，純化區同理；同時按照試劑單向流方向，各個實驗室之間設計不同壓力梯度來實現單向氣流組織方向，由試劑準備區（+20Pa）、標本制備區（+15Pa）、擴增反應一區（-5Pa）、純化區（-10Pa）、擴增反應二區（-20Pa）、到后純化區（-25Pa）壓力逐漸降低，形成單向負壓壓力梯度。
第三就是因地制宜。PCR實驗室不是千篇一律的，要分析具體的情況制定符合自己當前的需求，合乎國家的標準即可，不必強求理想狀態。
最后是方便工作。PCR實驗室的建立離不開以人為本，在做到防止污染的情況下，應最大限度地考慮在日常檢測工作時是否方便。實驗室的過道能否方便日后新設備的進出，人員工作服和工作鞋的換穿是否方便。
2、實驗室的區域規劃好之后，根據需求我們可以進駐一下主要的實驗用品及耗材。按照實驗室的需求放置試驗臺，天平、冰箱、低溫冰箱、離心機、洗眼器、加樣器、振蕩器、紫外燈、冰箱、生物安全柜(或潔凈工作臺、或者排風柜排毒柜)、恒溫水浴、上下水設備、廢棄物容器、通風排風系統、水浴箱、核酸提取設備、實時熒光定量PCR儀等。
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