PCR實(shí)驗室設(shè)計的核心問題是如何避免污染。在實(shí)際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴(kuò)增產(chǎn)物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標(biāo)本間的污染。由于一旦發(fā)生污染，實(shí)驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實(shí)驗結(jié)果必須作廢，需重新進(jìn)行實(shí)驗。所以發(fā)生污染后再圍繞實(shí)驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣，浪費(fèi)人力物力。因此要避免污染，首先應(yīng)是預(yù)防，而不是排除。
1.工作區(qū)域的嚴(yán)格劃分
（1）各個實(shí)驗區(qū)域設(shè)置合理。
（2）各個實(shí)驗區(qū)域要有明顯的標(biāo)記（如醒目的門牌或不同的地面顏色等），以避免各個不同實(shí)驗區(qū)域設(shè)備物品、試劑等發(fā)生混淆。
2.合理的系統(tǒng)設(shè)置
（1）合理的空調(diào)通風(fēng)系統(tǒng)設(shè)置，盡量采用全送全排的空調(diào)系統(tǒng)。
（2）嚴(yán)格的氣流壓力控制，保證不同的實(shí)驗區(qū)內(nèi)不同的壓力要求。
3.規(guī)范地操作
（1）臨床基因擴(kuò)增檢驗實(shí)驗室的技術(shù)人員必須進(jìn)行上崗培訓(xùn)，經(jīng)培訓(xùn)合格后才能從事臨床基因擴(kuò)增檢驗的工作。
（2）在實(shí)驗操作過程中，操作者必須戴手套，并經(jīng)常更換。此外，操作中使用一次性帽子也是一個有效地防止污染的措施。
（3）清潔工作及時、正確。實(shí)驗工作結(jié)束后，必須立即對本區(qū)進(jìn)行清潔。除常規(guī)的消毒液體對表面進(jìn)行擦拭消毒或紫外線燈的照射消毒外，對一些實(shí)驗設(shè)備還應(yīng)進(jìn)行高壓消毒處理。
4.嚴(yán)格地管理
（1）嚴(yán)格控制進(jìn)出實(shí)驗室的人員。與實(shí)驗無關(guān)的人員不得隨意進(jìn)出實(shí)驗室，有條件的情況下要設(shè)置獨(dú)立的通道和進(jìn)出整個實(shí)驗區(qū)的門。
（2）在各個實(shí)驗區(qū)域使用帶有明顯區(qū)別標(biāo)志的工作服（如不同顏色），當(dāng)工作人員離開時不得將本區(qū)的工作服帶至其它區(qū)域。
（3）盡量減少在實(shí)驗區(qū)內(nèi)不必要的走動以減少交叉污染的可能性。
（4）擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)是最主要的擴(kuò)增產(chǎn)物污染來源，廢液不能在實(shí)驗室中傾倒，必須經(jīng)消毒液浸泡消毒后在遠(yuǎn)離實(shí)驗室的地方棄掉，用過的吸頭等一次性材料也應(yīng)經(jīng)消毒液浸泡消毒后統(tǒng)一處理，如焚燒等。
（5）擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)可能會用到某些可致基因突變和有毒物質(zhì)，應(yīng)特別注意實(shí)驗人員的安全防護(hù)。
5.完備的實(shí)驗室配套設(shè)施
完備的實(shí)驗室配套設(shè)施是保證實(shí)驗工作的必要條件，應(yīng)根據(jù)各個實(shí)驗室實(shí)驗內(nèi)容的不同配備相應(yīng)的設(shè)備和儀器，如超凈工作臺、離心機(jī)、加樣器等。
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